決定尼康顯微鏡性能的主要因素是顯微鏡的分辨率，也叫分辨本領或解像力。但是放大率、清晰度等物理量與尼康顯微鏡的分辨本領有著密切關系。
尼康顯微鏡是復雜的共軸光學系統。這個系統由光源、孔徑光欄、聚光鏡和物鏡等主要成像要素所構成。目鏡只不過是把物像直接放大并投影到屏幕(包括人類視網膜)上的光學部件而已.光源可能是非相干光源如日光、燈光，也可能是相干光源如點光源。
尼康顯微鏡成像光路中的關鍵性成像部件是物鏡。從光源到物鏡前透鏡之間的無數個平面，在物鏡的后方均有其相對應的共扼平面。但是根據阿貝理論，顯微鏡里的物平面O與之相對應的共扼平面即像平面O‘和光源I.平面與之相對應的共扼I,‘平面，是成像系統中重要的兩對平面。
在顯微鏡中孔徑光欄所限定的入射光束的張角范圍內，經過聚光鏡直接變成照射標本的照明光源。孔徑光欄平面上的光在物鏡后焦面或在其附近成像。首先孔徑光欄限定成像光束所必需的入射角.這就意味著顯微鏡下觀察物體的適宜的亮度由此決定。其次來自標本的立體結構的不同平面上的成像光線也由此來決定。總之尼康顯微鏡中的物像的適度反襯度和物像輪廓的清晰度由此來決定。
影響尼康顯微鏡圖像清晰度可以設法校正一種像差是像散。和透射電鏡中一樣，掃描電鏡鏡筒的下部也裝有一個消像散器。應該認真調節消像器才能保證得到好的圖像。如果像散量過大，消像散器的校正場已不足補償其缺陷，就必須盡快清洗電鏡的光路區，常用尼康顯微鏡型號景深有多大尤其是本透鏡和末光闌部分。